洗礼者ヨハネの名前を戴いていることからわかるように、この教会はフィレンツェ共和国のためのローマの教会であった。 ルネッサンス期に計画され最終的に形になったのはバロック期、
かつてメディチ家が住んでいた宮殿。建物自体は14世紀の終わりのものとなる。 1541年から1550年までオーストリアのマルゲリータ女王が